Действие мультфильма происходит в XXVI веке, когда страшный вирус уничтожил 99% населения Земли. На планете остались всего два государства — анархистская Моника и тоталитарная Бренна, которой правит ученый-диктатор Тревор Гудчайлд....

Действие будет разворачиваться между событиями первого и второго фильмов и расскажет о мрачном этапе в развитии мира Трона: этапе, когда Клу поднял бунт против Пользователей....